中国电子商务专业教育可以追溯到1998年，几乎与美国卡耐基梅隆大学开办电子商务专业同期开始。其发展历程经历了尝试期、规范期和蓬勃发展期三个阶段。

尝试期

中国早期的电子商务专业教育伴随着一批电子商务专业学者的不断研究，通过在各校以公共选修、专业选修课的形式开设相关课程，也有少数学校在本科高年级开设电子商务方向或电子商务班（以至开设电子商务研究生方向）等。即有几家高校从相关专业的三年级或四年级学生中转出一批学生进入电子商务专业方向学习，即所谓的“2+2”（西安交通大学从1998级经济管理类本科生中选拔培养电子商务方向本科生“2+2”）和“3+1”（汕头大学在第4年级培养电子商务方向本科生“3+1”）培养模式。华侨大学在1999年开始招收电子商务专科生。

规范期

为适应市场需求，使电子商务专业人才的培养规范化、规模化，中国国家教育部高教司于2000年底和2001年初分两批批准了：南京审计学院、华中师范大学、东北大学秦皇岛分校、云南大学、厦门大学、对外经济贸易大学、北京邮电大学、北京交通大学、华侨大学、广西大学、西安交通大学、南京理工大学、浙江大学等13所普通高等学校试办电子商务本科专业。

发展期

中国国家教育部高教司从2002年来又批准了第三批开设电子商务本科专业的院校，包括石油大学、中国农业大学、北京外国语大学、中央财经大学等83所院校；第四批又新增了北京联合大学、北京信息工程学院、北京师范大学、北京物资学院、天津商学院等58所院校。到2010年教育部共批准339所本科学校和800多所专科学校开设电子商务本科专业。

在大力发展电子商务本科专业的同时，我国也开展了电子商务专业研究生阶段的培养过程。2003年教育部允许有条件的高等学校招收电子商务方向的硕士和博士研究生，这也标志着电子商务教育在国内已经进入了高质量的发展阶段。一些国家“211工程”建设的学校中在经济、管理或计算机学科下招收商务方向的硕士（以及MBA的电子商务方向）和博士研究生。如西安交通大学等已于2003年春开始，在国家教育部许可的前提下自主在应用经济学和管理科学与工程两个一级学科下分别设置了电子商务硕士和博士二级专业学科。到2010年不完全统计在管理学、经济学、工学、法学等大类下自主开设电子商务专业研究生硕士和博士培养点的单位在几十到一百左右。

成熟期

2011年教育部公布新的学科专业目录：电子商务为110209（属于：管理学类工商管理一级学科下的二级学科）；

根据2012年9月14日教育部印发的《普通高等学校本科专业目录（2012年）》，2013年电子商务专业上升为一级学科，以电子商务类电子商务120801开始招生，可授予管理学或经济学或工学学士学位；

招收的电子商务的硕士研究生与博士研究生多属于管理科学与工程类，也有部分院校为应用经济学类，例如华侨大学招收的电子商务研究方向为信息经济学。